Genetic Diversity of 24 autosomal STR loci in Saudi Southern region population using GlobalFiler™ amplification kit

Abstract

أهداف الدراسة: 1- دراسة جوانب من التركيب الوراثي لسكان المنطقة الجنوبية السعودية باستخدام اطقم تكثير GlobalFiler ™. 2- تحليل التنوع الوراثي لسكان المنطقة الجنوبية في المملكة العربية السعودية بناءً على تعدد الأشكال لسمات STR الوراثية ومواقع Amelogenin وDYS391 وY indel. 3- إنشاء قاعدة بيانات لسكان المنطقة الجنوبية السعودية للمساعدة في تحقيقات الطب الشرعي.

مجتمع الدراسة: يتكون مجتمع الدراسة من السكان الأصليين في المنطقة الجنوبية بالمملكة العربية السعودية.

عينة الدراسة: تتكون عينة الدراسة من 153 فرداً من ثلاثة أجيال من سكان المنطقة الجنوبية (100 ذكر و53 أنثى) تتراوح أعمارهم بين 18 و60 عاماً وجميعهم يتمتعون بحالة صحية جيدة ويشكلون عينة ممثلة لمجتمع المنطقة الجنوبية من مجموعات الأعمار المذكورة.

منهج الدراسة: تم إجراء هذه الدراسة وفقاً للمنهج العلمي التجريبي وباستخدام التقنيات والطرق التحليلية المتاحة في مجال تحليل ودراسة الحمض النووي. أُجريت هذه الدراسة في مختبرات تحليل الحمض النووي في قسم الأدلة الجنائية بكلية العدالة الجنائية في جامعة نايف العربية للعلوم الأمنية بالرياض.

أهم النتائج: 1- كان الموقع الوراثي SE33 الأكثر تنوعاً بالمعلومات بين السمات الوراثية التي تم دراستها، بينما كان الموقع TPOX أقلها تنوعاً وراثياً بالمعلوماتية وبالتالي الاقوى من حيث الاثبات والنفي في القضايا الجنائية وقضايا النسب. 2- سجل أعلى تنوع وراثي على مستوى موقع SE33 وأقل تنوع وراثي للموقع TPOX. 3- كانت قيم PIC لجميع السمات الوراثية المدروسة غنية بالمعلومات مما يشير إلى الدرجة العالية من التنوع الوراثي التي تتمتع به السمات الوراثية بأطقم تكثير GlobalFiler ™.

توصيات الدراسة: • هذه الدراسة درجة عالية من التنوع الوراثية لدى السكان السعوديين في المنطقة الجنوبية في الفحوصات الوراثية الجنائية. لذا ينصح باعتماد طقم GlobalFiler ™ كأداة للتحليل الجنائي للحمض النووي في المملكة العربية السعودية. • إنشاء قاعدة بيانات للسمات الوراثية المستخدمة في المجال الجنائي للسكان السعوديين في المنطقة الجنوبية لاستخدامها كدليل جنائي في القضايا المختلفة.

Study Objectives: 1. Study the Polymorphism of Saudi southern region population by using GlobalFiler™ amplification kit. 2. Analyze the genetic diversity of the Saudi southern region population based on the polymorphisms autosomal STR, Amelogenin, DYS391 and Y indel loci 3. Construct an appropriate database for Saudi southern region population to help in forensic investigations.

Study Population: The study population consists of native residents of the southern region of Saudi Arabia.

Study Sample: The study sample includes 153 (100 males and 53 females) healthy Saudi individuals from three generations, aged from 18 to 60 years that are representing Saudi southern region population in the said age group.

Research Methodology: The experimental method was used to complete this study using the analytical methods available in the field forensic DNA analysis in the forensic genetics laboratories at the Department of Forensic Sciences, College of Criminal Justice, Naif Arab University for Security Sciences, Riyadh (KSA).

Main Results: • The most informative locus in our study was SE33, whereas TPOX was the least informative. • The highest and lowest Gene Diversity (GD) was observed for locus SE33 and TPOX, respectively. • PIC values for all STR loci tested were highly informative indicating the high degree of genetic polymorphism

Main Recommendations: • The results of this study showed the suitability of the markers of the Saudi population in the southern region for forensic analysis. It is therefore recommended that the GlobalFiler ™ kit (Thermo Fisher Scientific, USA) could be certified as a DNA forensic tool in the Kingdom of Saudi Arabia. • Establishing a DNA database for the Saudi population in the Southern region for use in forensic evidence in various cases.