Genetic alteration in HIV related Lymphoma Patients of Saudi Arabia

Abstract

Study questions: 1- Is there any difference between the genetic alterations of HIV related lymphoma in Saudi patients than the worldwide cases? 2- Can we find linked genetic variation to each specific subtype of lymphoma?

Main objective: • To determine genetic variations associated to lymphoma in an HIV-infected cohort of patients in Saudi Arabia. • To characterize the heterogeneity in the mechanisms underlying lymphoma in the HIV population.

Study populations: The study population is composed of a cohort of 24 Saudi patient’s male and female: twelve Saudi HIV-positive lymphoma patients with and twelve HIV-negative Saudi lymphoma patients.

Study samples: Tissue blocks were collected from confirmed HIV Lymphoma patients and Lymphoma with no HIV infection patient.

Study Methodology and Tools: DNA was extracted from tissue blocks using QIAmp DNA FFPE Tissue kit. Purity and concentration of DNA samples were measured by Nanodrop ND-1000 instrument. Selected region from exon 1, 2, and 3 from C-MYC gene, exon 16 and 17 from NFKB1 gene, and exon 14 and 16 from EZH2 gene were amplified by PCR and sequenced using Applied Biosystems™ 3730 XL DNA Analyzer. SeqScape® Software 3 was used to detect sequence variations and statistical analysis was performed by using Analysis ToolPak add-in.

Results and Conclusions: DNA sequencing results showed the presence of 102, 33, and 53 mutations in EZH2, NFKB1 and C-MYC genes, respectively, in HIV-negative lymphoma samples. In HIV-positive patients, the number of mutations observed in C-MYC, EZH2, and NFKB1 genes were 63, 119, and 6, respectively. Statistical analysis showed that NFKB1 gene is more likely to be mutated in HIV-negative lymphoma. No further correlation was found between specific mutations and one of the two study groups.

Recommendations: • Mutation analysis of the studied genes could be performed as early as possible after confirming HIV infection in patients. • Some of the detected mutations in this study (e.g., 125-142del in exon 14 of NFKB1) can be used to predict the susceptibility of AIDS patients to develop lymphoma.

تساؤلات الدراسة: 1. هل هناك أي اختلاف بين المتغيرات الجينية في اللِمفوما المرتبطة بفيروس HIV لدى المرضى السعوديين والحالات العالمية؟ 2. هل نستطيع إيجاد رابط بين طبيعة ونوع التغير الجيني وبين أنواع فرعية محددة من اللِمفوما؟

الأهداف الرئيسية للدراسة: 1. تحديد المتغيرات الجينية المرتبطة باللِمفوما لدى مجموعة من المرضى المصابين بفيروس HIV في المملكة العربية السعودية. 2. توصيف التنوع الجيني للآليات المؤدية للِمفوما في المرضى المصابين بفيروس HIV.

مجتمع الدراسة: يتكون مجتمع الدراسة من 24 مريض سعودي من الذكور والإناث ينقسمون في مجموعتين: تشمل المجموعة الأولى 12 مريض لِمفوما مصاب بفيروس HIV و12 مريض غير لِمفوما غير مصاب بفيروس HIV.

عينة الدراسة: تم جمع عينات أنسجة من مرضى اللمفوما المصابين بفيروس HIV ومرضى اللمفوما غير المصابين بالفيروس.

منهج الدراسة وأدواتها: تم عزل الحمض النووي من عينات الأنسجة باستخدام طقم QIAmp DNA FFPE Tissue. تم تقدير درجة نقاوة وتركيز عينات الحمض النووي باستخدام نظام Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer. تم تضخيم مناطق معينة من اكسون 1 و2 و3 لجين C-MYC واكسون 16 و17 من جين NFKB1 واكسون 14 و16 من جين EZH2 باستخدام تقنية PCR. تم تحديد تسلسل القواعد النيتروجينية لنواتج التضخيم باستخدام جهاز التحليل الوراثي Applied Biosystmes™ 3730 XL DNA Analyzer. تم استخدام برنامج SeqScape® Software للكشف عن المتغيرات الجينية وتم إجراء التحليل الإحصائي باستخدام أداة Analysis ToolPak add-in.

النتائج: أظهرت نتائج تسلسل الحمض النووي وجود 102 طفرة في جين EZH2 و33 طفرة في جين NFKB1 و53 طفرة في جين C-MYC في عينات مرضى السرطان غير المصابين بفيروس HIV. أما في مجموعة المرضى المصابين بفيروس HIV، فقد تم تسجيل 63 طفرة في جين C-MYC و119 طفرة في جين EZH2 و6 طفرات في جين NFKB1. أظهر التحليل الإحصائي ارتباط حدوث الطفرات في جين NFKB1 في مجموعة المرضى غير المصابين بفيروس HIV. لا يوجد أي علاقة بين طفرة معينة من الطفرات المكتشفة في هذا الدراسة وبين الإصابة بفيروس HIV لدى مرضى اللمفوما.

أهم التوصيات: • يمكن إجراء تحليل الطفرة للجينات المدروسة في أقرب وقت ممكن بعد التأكد من الإصابة بفيروس نقص المناعة البشرية لدى المرضى. • يمكن استخدام بعض الطفرات المكتشفة في هذه الدراسة (مثل طفرة 125-142del في إكسون 14 من جين NFKB1) للتنبؤ بميل مرضى الإيدز للإصابة بالورم الليمفاوي.