Detection and Genotyping of STR loci in Saudi Breast Cancer Patients using Cell-free DNA (Cf-DNA)

Al-Sharhan, Norah ; الشرهان, نورة بنت عبد الله (2017-06)

أهداف الدراسة: 1- قياس تركيز الحمض النووي الحر في بلازما الدم في مرضى سرطان الثدي، وكذلك في الأشخاص الأصحاء. 2- مقارنة تركيز الحمض النووي الحر بين مرضى سرطان الثدي والأشخاص الأصحاء، والعلامات البيولوجية لتشخيص السرطان. 3- فحص ثمان مواقع وراثية في الحمض النووي الحر المعزول من كل من مرضى سرطان الثدي والأشخاص الأصحاء. 4- دراسة التوزيع الأليلي للمواقع الوراثية الثمان تحت الدراسة. مجتمع الدراسة وعينتها: ضمت الدراسة 41 مريضة مصابة بسرطان الثدي من قسم الأورام في مدينة الملك فهد الطبية ومركز الأبحاث. منهج الدراسة وأدواتها: المنهج التجريبي العملي باستخدام الطرق والتقنيات المخبرية المتاحة في مجال الأحياء الجزيئية. تم استخلاص الحمض النووي الحر و الجينومي باستخدام طقم QIAamp® DNA Mini. تم تحديد كميات من الحمض النووي الحر المعزولة باستخدام جهاز NanoDrop Spectrophotometer ومن ثم مقارنة النتائج بين المرضى والمجموعة الضابطة. تم تضخيم ثمان مواقع وراثية (D7S820, D13S317, D21S11, D2S1338, D18S51, D16S539, FGA and CSF1PO) باستخدام طقم .AmpFlSTR® MiniFiler™ PCR Amplification تم استخدام برنامج GeneMapper® IDX version 1.1 analysis software لتحليل النتائج وتم حساب التردد الأليلي للمواقع الوراثية باستخدام. GenAlEx V. 6.503. أهم النتائج: 1- تركيز الحمض النووي الحر أعلى بكثير في مرضى سرطان الثدي مقارنة بالأشخاص الأصحاء. 2- التردد الأليلي للمواقع الوراثية D7S820،و D2S1338، و D21S11، و CSF1PO مختلف بشكل كبير بين مرضى سرطان الثدي والعينات الضابطة. 3- التكرار الأليلي للموقع CSF1PO أعلى في الأشخاص الأصحاء مقارنة مع مرضى سرطان الثدي. 4- تم الكشف عن 11 مريضه لديها LOH و4 مريضات لديهن MSI. توصيات الدراسة: 1- يوصى باستخدام الحمض النووي الحر في البلازما لتطوير الاختبارات التشخيصية لمتابعة للسرطان. 2- يوصى باستخدام المواقع الوراثية من البلازما للكشف عن الحمض النووي الحر للخلايا السرطانية

Thesis

Study Objectives: 1. Measure the Cf-DNA concentration in the plasma of breast cancer (BC) patients and healthy subjects. 2. Compare the concentration of plasma Cf-DNA in BC patients and healthy subjects, and evaluate the use of Cf-DNA as a potential diagnostic marker for breast cancer. 3. Analyze the allelic pattern of eight autosomal STR loci in the Cf-DNA isolated from BC patients and healthy subjects. 4. Study the distribution of allele frequencies of eight autosomal STR loci in BC patients and healthy subjects. Research Methodology and Tools: Plasma Cf-DNA from BC patients and healthy subjects was extracted using QIAamp® DNA Mini Kit and then quantified by NanoDrop® spectrophotometer. Quantities of isolated plasma Cf-DNA in BC patients were then compared with healthy subjects. Eight STR loci (D7S820, D13S317, D21S11, D2S1338, D18S51, D16S539, FGA and CSF1PO) were amplified using AmpFlSTR® MiniFiler™ PCR Amplification Kit. Amplified fragments were separated on 3130 Genetic Analyzer® and then analyzed using GeneMapper® IDX version 1.1 analysis software. Allele frequencies of 8 autosomal STR loci were calculated using GenAlEx V. 6.503. Main Results: 1. Cf-DNA concentrations were significantly higher in BC patients compared to healthy subjects. 2. Significant differences in the allele frequency distribution of STR loci D7S820, D2S1338, D21S11, and CSF1PO were observed between BC patients and healthy subjects. 3. CSF1PO locus frequencies were higher in healthy controls compared to BC patients. 4. Cf-DNA from 11 BC patients revealed loss of heterozygosity (LOH) and 4 patients showed microsatellite instability (MSI). Main Recommendations: 1. We recommended to use plasma Cf-DNA for the development of diagnostic, prognostic and follow-up tests in BC patients. 2. It is recommended to use Microsatellite analysis of plasma Cf-DNA in cancer patients, which represents a novel method for the detection of circulating tumor cell DNA.

هذه المادة تظهر في المجموعات التالية: